«Герои меча и магии III: Возрождение Эрафии» содержали некоторые баги, которые в определённых ситуациях серьёзно нарушали игровой баланс и даже породили основанные на них стратегии ведения игры. К наиболее серьёзным из них относятся следующие.

При осаде замка выстрел катапульты, направленный в основную башню замка, обязательно попадал и разрушал малую боковую башню. Это существенно ослабляло обороняющуюся сторону.

В режиме тактического построения при осаде циклопы могли атаковать стены и башни замка, полностью лишая защищающуюся сторону укреплений ещё до начала битвы.

При поражении и перевербовке в таверне герой получал некоторое количество низкоуровневых войск. Для героев, чьей специализацией как раз были низкоуровневые войска (например, гремлины или скелеты), это количество было весьма значительным. При наличии денег перевербовка давала следующую возможность: отсадить все войска кроме одного представителя в замок, атаковать близлежащего монстра, сбежать с поля боя (для этого монстр не должен стрелять или быстро перемещаться), затем перевербовать героя с новой порцией войск и повторять это, пока есть деньги на перевербовку. Такая стратегия в среде игроков получила название англ. Gremlin Rush — «гонка за гремлинами», — поскольку именно этот тип войск является наиболее подходящим для неё.

В режиме мультиплеера наблюдались вылеты в Windows при различных обстоятельствах.
Примечание: Впоследствие в дополнениях они были исправлены.